2月2日，印度研究人員于1月31日發(fā)表在bioRxiv上的有關(guān)新型冠狀病毒來(lái)源于實(shí)驗(yàn)室的論文撤稿。
相關(guān)：印度研究人員新冠病毒論文被質(zhì)疑“扭曲事實(shí)” 已撤稿
此前，網(wǎng)上不斷有各種版本的流言，或多或少都把此次疫情的發(fā)生與國(guó)內(nèi)科研機(jī)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)室病毒標(biāo)本泄露關(guān)聯(lián)在一起。
對(duì)此，2月2日下午，中國(guó)科學(xué)院武漢病毒所研究員石正麗在朋友圈說(shuō)：“2019新型冠狀病毒是大自然給人類(lèi)不文明生活習(xí)慣的懲罰，我石正麗用我的生命擔(dān)保，和實(shí)驗(yàn)室沒(méi)有關(guān)系。”
《中國(guó)科學(xué)報(bào)》記者向她本人求證此條朋友圈消息屬實(shí)，并獲準(zhǔn)通過(guò)本報(bào)發(fā)布。
石正麗朋友圈截圖（經(jīng)本人授權(quán)發(fā)布）
同時(shí)，1月31日，《科學(xué)》也發(fā)布最新調(diào)查報(bào)道稱(chēng)，生物信息學(xué)家正努力用科學(xué)擊敗“陰謀論”。
作為石正麗的長(zhǎng)期合作伙伴，美國(guó)非盈利組織環(huán)保生態(tài)健康聯(lián)盟疾病生態(tài)學(xué)家Peter Daszak在接受《科學(xué)》采訪(fǎng)時(shí)表示，每當(dāng)新疾病、新病毒出現(xiàn)時(shí)，都會(huì)產(chǎn)生諸如實(shí)驗(yàn)室泄漏或者生物工程制造一類(lèi)的“陰謀論”。“這令人羞恥！”
中山大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)郭德銀也對(duì)《中國(guó)科學(xué)報(bào)》表示：“陰謀論從來(lái)不需要提供證據(jù)，但科學(xué)需要。”目前，基于基因組序列對(duì)病毒在進(jìn)化上的分析結(jié)果，為證明病毒來(lái)源于自然界提供了強(qiáng)有力的證據(jù)，足以擊破人工合成的流言。
有同一個(gè)“祖先”
1月11日，由復(fù)旦大學(xué)上海公共衛(wèi)生臨床中心暨公共衛(wèi)生學(xué)院張永振教授領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)在virologic.org網(wǎng)站發(fā)布了第一個(gè)新型冠狀病毒基因序列。第二天，另外5個(gè)來(lái)自不同患者的病毒基因組序列由國(guó)家衛(wèi)健委領(lǐng)導(dǎo)的小組在全球共享流感病毒數(shù)據(jù)庫(kù)GISAID發(fā)布[1]。
隨后，全球科研人員陸續(xù)公開(kāi)分享更多患者的病毒基因組全序列，目前已有53例患者的病毒基因組全序列被共享在GISAID。
國(guó)內(nèi)一位病毒學(xué)專(zhuān)家告訴《中國(guó)科學(xué)報(bào)》：“這些病毒序列應(yīng)用現(xiàn)代測(cè)序技術(shù)，從患者血清中就可以提取。”
研究人員正在對(duì)這些病毒基因序列進(jìn)行深入研究，試圖了解新型冠狀病毒的起源，以及它與在蝙蝠等其他動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)的病毒的進(jìn)化關(guān)系。
華盛頓大學(xué)生物信息學(xué)專(zhuān)家Trevor Bedford告訴《科學(xué)》：“從病毒序列中得到的最重要的信息之一，是病毒一次性進(jìn)入人體，然后進(jìn)行人際傳播。”
對(duì)此，前述國(guó)內(nèi)病毒學(xué)家解釋?zhuān)?ldquo;這意味著，目前正在傳播中的病毒來(lái)源于同一個(gè)‘祖先’，傳播路徑可能是病毒從動(dòng)物偶然傳染給某一個(gè)特定的人，發(fā)生了變異，然后開(kāi)始人際傳播。所以，如果能找到最早發(fā)生感染的‘零號(hào)病人’，病毒源頭就找到了。”
據(jù)《科學(xué)》報(bào)道，一個(gè)可能的解釋是，近期有一批動(dòng)物被感染，通過(guò)感染某一個(gè)商販把病毒帶到人類(lèi)。
1100個(gè)核酸的差距
基因組序列顯示，此次流行的新型冠狀病毒nCoV-2019共有29000多個(gè)核苷酸堿基。研究人員將它與已知冠狀病毒家族其他成員進(jìn)行了比較，發(fā)現(xiàn)其與蝙蝠來(lái)源的冠狀病毒關(guān)系最密切。
1月23日，中國(guó)科學(xué)院武漢病毒所研究員石正麗帶領(lǐng)的團(tuán)隊(duì)在bioRxiv發(fā)表文章指出，與此前在云南中菊頭蝠上檢測(cè)到的蝙蝠冠狀病毒RaTG13相比較，nCoV-2019在整個(gè)基因組中與其有96.2%的一致性，與SARS冠狀病毒有79.5%的一致性。
不過(guò)，Bedford分析，石正麗團(tuán)隊(duì)提出的RaTG13序列與nCoV-2019有近1100個(gè)核苷酸的差異。他結(jié)合其他冠狀病毒的假定突變率估計(jì)，這兩種病毒在25到65年前有一個(gè)共同的祖先，RaTG13病毒突變?yōu)閚CoV-2019可能需要幾十年的時(shí)間。
在“進(jìn)化樹(shù)”上擁有合理的位置，代表了這一病毒由自然進(jìn)化而來(lái)。“對(duì)病毒這種僅由RNA構(gòu)成的生物而言，基因組序列的差異就能展現(xiàn)其進(jìn)化關(guān)系，為其來(lái)源于自然界提供了強(qiáng)有力的證據(jù)。”郭德銀解釋。
要認(rèn)定病毒來(lái)源，通常采用“進(jìn)化樹(shù)”的方法，畫(huà)出家族系譜圖，還需要定量比較相似核苷酸的數(shù)量。專(zhuān)家們的共識(shí)是，1100個(gè)核苷酸的差異意味著，nCoV-2019從蝙蝠到人之間還存在1個(gè)或多個(gè)中間宿主。
Bedford創(chuàng)建的冠狀病毒家族系譜圖，其中包括蝙蝠、果子貍、SARS和nCoV-2019序列（來(lái)源：Science官方網(wǎng)站）
例如，SARS病毒起源雖然起源于蝙蝠，但果子貍冠狀病毒與人類(lèi)SARS病毒之間的差異只有10個(gè)核苷酸左右。所以，這就可以推斷，果子貍是SARS病毒的中間宿主。
又如，2018年4月，石正麗聯(lián)合軍事科學(xué)院軍事醫(yī)學(xué)研究院微生物流行病研究所童貽剛團(tuán)隊(duì)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院馬靜云團(tuán)隊(duì)等發(fā)現(xiàn)，導(dǎo)致2016年廣州仔豬致死性疾病的SADS冠狀病毒，與發(fā)生疫情豬場(chǎng)附近的蝙蝠洞穴中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒全基因組序列一致性高達(dá)98.48%，從而認(rèn)定這次疫情源于冠狀病毒的跨種傳播。
“進(jìn)化樹(shù)”分析帶來(lái)另一個(gè)好消息是，目前為止分析的不同nCoV-2019序列之間最多只有7個(gè)核苷酸的差異。這不僅表明它是最近才一次性進(jìn)入人類(lèi)體內(nèi)的，更表明它尚未發(fā)生明顯的變異。
不過(guò)，在其傳播過(guò)程中，科研人員仍然沒(méi)有掌握武漢華南海鮮市場(chǎng)發(fā)揮的作用，只能確定其在早期疫情中“推波助瀾”。
“對(duì)于nCoV-2019從自然界中的某種宿主到中間宿主再到人，科學(xué)雖然難以以一種重現(xiàn)的方式去證明，卻可以用確鑿的證據(jù)，以完備的邏輯形成證據(jù)鏈，去確證結(jié)果。”郭德銀最后強(qiáng)調(diào)。
參考資料：
[1]https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-outbreak-s-origins
[2] http://www.infzm.com/contents/174679
[3] http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2018/4/408359.shtm
中國(guó)-博士人才網(wǎng)發(fā)布
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